为研究蛋白的性质、含量、结构与功能，以及为了方便对抗原抗体特异性结合的实验现象进行观察和检测，通常会选择利用一些易测定又具有高度敏感性的物质作为标记物标记抗原，然后通过检测这些标记物的增强放大效应而产生的颜色变化、光谱变化等来达到研究目的。即利用抗原中氨基酸残基的特殊理化性质，在特定的条件下使蛋白/抗体与标记物结合，形成蛋白/抗体标记物。标记抗原原理示意图如下：

标记蛋白一般可采用酶标记、生物素标记、荧光标记以及C13和N15全蛋白标记等方式。
标记抗体一般可采用酶标记、生物素标记、荧光标记以及胶体金标记等方式。
|  下面针对几种常见的标记方法为大家展开介绍。
酶标记：酶标记物包括酶标记抗原、酶标记抗体和酶标记SPA等。酶标记物质量的好坏直接关系到免疫酶技术的成功与否，因此被称为关键的试剂。酶标记物中最常用的是酶标记抗体，它是将酶与特异性抗体经适当方法连接而成。酶标记抗体的质量主要取决于纯度好、活性强及亲和力高的酶和抗体，其次要有良好的制备方法。目前，常用的高质量的酶，如辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，葡萄糖氧化酶，Β-D-半乳糖苷酶等国内已有商品供应。高质量的抗体则可通过提取纯化而获得。在制备方法上，宜选用产率高、不影响结合物的活性和不混杂干扰性物质且操作简便易行的方法。
生物素标记：生物素广泛分布于动、植物组织中，从含量较高的卵黄（α型）和肝组织（β型）中提取α、β两型的生物活性基本相同，现已可人工合成。生物素在机体内以辅酶形式参与各种羧化酶反应，故又称为辅酶R或维生素H。分子量为244.31，分子中有两个环状结构，其中I环为咪唑酮环，是与亲合素结合的主要部位；II环为噻唑环，上有一戊酸侧链，其末端羧基是结合抗体和其他生物大分子的唯一结构。  
   常用的活化生物素：
    标记蛋白质氨基：N-羟基丁二酰亚胺酯（BNHS）；
    标记蛋白质醛基：酰肼（BHZ）和肼化生物胞素（BCHZ）；
    标记蛋白质巯基：3-（N-马来酰亚胺-丙酰）-生物胞素（MPB）。
    标记核酸：光生物素、生物素脱氧核苷三磷酸、BNHS和BHZ。
荧光标记：荧光，又作“萤光”，是指一种光致发光的冷发光现象。当某种常温物质经某种波长的入射光照射，吸收光能后进入激发态，然后立即退激发并发出比入射光的的波长长的出射光；而且一旦停止入射光，发光现象也随之立即消失。具有这种性质的出射光就被称之为荧光。利用荧光染料与被研究对象的某个基团吸附或共价结合后其荧光特性发生改变，从而反映有关研究对象性能的信息。常用的荧光标记物有能发出绿色荧光的异硫氰酸荧光素(FITC)和菁染料琥珀酰亚胺酯(Cy3)，能发出红色荧光的四乙基罗丹明(RB200) ，四甲基异硫氰酸罗丹明(TRITC)和化青素(Cy5)等。
胶体金标记：金标记免疫分析技术也称免疫胶体金技术，是于1971年建立的一种信号显示技术。近10多年来，利用硝酸纤维素膜（NC）等为固相载体，以胶体金标记的抗原或抗体与特异配体的反应在膜上进行，建立了快速的金标记免疫渗滤技术和金标记免疫层析技术，并在传染病、心脑血管病、风湿病、自身免疫病的免疫学检测中广泛应用。